Existem três departamentos na Profico:
A Direcção Geral, a quem cabem todas as funções não directamente produtivas (função financeira, comercial, marketing, recursos humanos e função jurídica) e a gestão global da empresa, também assegura a coordenação dos dois departamentos produtivos. O Engenheiro Jorge Meneses é o Director Geral, fundador e sócio maioritário.
O Departamento de Engenharia e o Departamento de Gestão de Empreendimentos e Fiscalização estão encarregues da produção dos serviços contratados pelos clientes.
O Departamento de Engenharia é responsável pela produção dos Projectos de Estruturas. É também da sua responsabilidade a área de Consultoria. Tem igualmente sob a sua responsabilidade a manutenção das instalações e do património, a adequabilidade da rede informática assim como das compras. O Eng.º Carlos Manuel Lopes é o Director do Departamento de Engenharia. É sócio da Profico desde 1992.
O Departamento de Gestão de Empreendimentos e Fiscalização está encarregue de servir os clientes no que diz respeito à gestão de empreendimentos e Projectos multidisciplinares, que inclui a coordenação de projectos e fiscalização de obras de construção civil. Este Departamento tem ainda a seu cargo o Centro de Documentação.
Dentro de cada Departamento organizam-se Equipas de Projecto, geridas por um Director de Projecto, o qual é o responsável directo pela Execução de um trabalho. Estas equipas de Projecto são variáveis em função das características dos Trabalhos a efectuar, pelo que um Director de Projecto pode gerir mais que uma equipa. Esta tem uma constituição que varia consoante o tipo e dimensão dos projectos.
ORGANOGRAMA GERAL
